我国水资源严重缺乏，日益严重的水污染问题更加剧了水资源紧缺的态势。在有些流域，水体已经有50%～80%降到劣Ⅴ类水质，很多湖泊出现了富营养化的问题。在我国七大流域中，均不同程度地出现水体黑臭、水生态严重破坏的现象，其中，流域跨行政区的各河流断面污染尤为严重。
　　据调查，我国大部分流域的跨省界水质污染水平通常比这一流域的整体污染水平高，表现出明显的跨行政区水污染特征。我国近年来发生了多起重大的水污染事故，均是由流域水污染引起的。并且，以跨行政区水污染为主的纠纷呈增加趋势。
　　由此引发的很多问题直接影响到社会稳定。流域跨行政区水污染问题，本质上是经济发展与生态环境保护之间的矛盾问题，特征上体现为稀缺资源配置冲突性、区域发展不可持续性、社会发展无序性。当前，急需以生态文明观为指导，寻找跨行政区水污染治理的出路。
　　我国当前跨行政区水污染治理困境分析
　　造成我国当前跨行政区水污染问题的主要原因，可以归结为自然因素与人为因素，其中以人为因素为主。近年来，政府在治理水污染上的投入力度不可谓不大，但是效果并不明显。具体来讲，造成我国当前跨行政区水污染问题的原因，主要有以下3点：
　　一是监管不到位，多龙管水。流域水资源实行流域管理与区域管理相结合的管理模式，而流域管理往往处于辅助地位，造成流域上下游区域各自为政的局面。地方政府往往从自身利益出发制定本地区的规划，而不考虑或较少考虑别的区域的利益，从而容易引发跨行政区水污染事件。流域上下游区域的一些地方政府在环境保护方面监管不力，存在着长久以来“以GDP论英雄”的积弊。在水污染管控上，水利部门负责水量的管理，环保部门负责水质的管理，两者缺乏很好的协调。水量和水质是水资源的两个基本属性，统一于水资源的使用价值，将二者的管理分割开来，不利于水资源的有效利用。
　　二是过度依赖行政手段，市场和公众参与不足，缺乏跨行政区的合作机制和补偿机制。首先，纵观多起跨行政区水污染纠纷事件，其解决基本上是上级政府协调相关区域达成短期协议，从而避免或者减少纠纷可能引起的危害。但是，采用行政手段解决跨行政区水污染问题往往不能从根本上达到目的。市场并没有发挥其资源配置的作用，产业结构也没有得到优化升级，高污染、低效益的排污企业依然存在。其次，公众较少地参与到水污染治理中，监督作用不能得到最大程度的发挥。第三，流域跨界的各地方政府在流域水污染治理问题上难以达成有效合作，单边付费原则具有一定的局限性，同时生态补偿机制还没有建立，不利于生态保护作用的发挥。
　　三是流域水污染治理存在法律制度间不协调、重要法律制度缺失及执法问题。目前,与水污染治理有关的法律法规存在重复、相互矛盾和表述不一致的情况，这就会产生部门间管理权限重叠、管理依据不足及执法权归属等问题。并且，各流域普遍缺少地方性法律法规，各流域特点不同，需要适合本流域特征的水污染防治法规。在执法过程中，流域上下游区域一些地方的执法部门对本区域的污染行为往往采取包庇、纵容的态度。某些执法人员素质不高，执法能力不强，相关设备短缺也难以给环境执法提供可靠保障，致使企业偷排、漏排、超标排污的现象不能得到有效遏制。
　　跨行政区水污染治理建议
　　第一，建立流域水环境治理联席会议制度，流域各区域协商治污。
　　现行行政体制的分割性和流域环境整体的不可分割性，以及跨界河流水污染治理的复杂性，决定了各地方政府单方面的努力是无法达到流域跨界水污染治理目标的。
　　从国外经验看，流域跨界水污染治理与区域各地方政府的共同努力分不开，包括共同制定治理规划、统一水质标准、联合水质监测计划、污水集中处理、产业结构协调等。因此，建议设立流域水环境治理联席会议制度。成立由流域管理机构、地方政府与社会公众等共同构成的联席会议组织委员会，通过定期召开联席会议，以利益相关者合作协商的方式对流域水环境治理中的问题进行协调。坚持节约优先、保护优先、自然恢复为主的方针，着力树立生态观念、完善生态制度、维护生态安全、优化生态环境，形成节约资源和保护环境的空间格局、产业结构和生产、生活方式。
　　联席会议制度的成立能够保证中央政府、地方政府及流域管理机构之间的信息共享，增强上下游区域政府之间的互惠互信，建立跨行政区环境执法合作机制和部门联动执法机制，确保突发性水污染事件能够得到及时、有效的处理。
　　第二，成立流域水资源综合管理机构，实施水质水量综合管理。
　　应整合水利部门和环保部门在流域水量和水质问题上的管理功能，建议成立流域水资源综合管理机构。另外，必须强化流域管理机构在跨行政区水污染治理中的角色，领导和协调跨行政区水污染治理工作，健全各项配套管理机制，最大限度地发挥流域管理机构防污、治污的作用。
　　第三，加大治污投入，采用奖惩分明的政策。
　　水污染治理需要先进的环保技术和设备，需要大量资金作为保障。应加大中央在城镇污水治理中的投资力度，优先治理重点流域水污染。对于未达到治污要求的区域要严格处理，规避地方政府的不作为动机；对于达到治污标准的区域要予以奖励，使得区域地方政府能够得到更多激励。
　　落实生态保护红线制度是推进生态文明建设的重中之重。最严格水资源管理制度中提出了“三条红线”，这是水资源环境保护的具体体现。应通过以红线倒逼的考核方式，对各级主管部门进行工作评估，建立责任追究制度，提高水环境改善绩效。
　　第四，发挥市场和公众的力量，推进合作监管模式。
　　跨行政区水污染与企业生产、公众生活息息相关，因此，针对跨流域行政区水污染问题，需要引进市场与公众的力量，提高其自觉参与的主动性。应建立市场与公众参与下的合作监管模式，培育多主体合作意识、生态文明意识、参与意识，推进多元利益相关者合作监管机制，使得企业与公众自发成为治污与监管的参与主体，从而降低政府管理成本、提高管理效率，增强全社会的生态文明意识，进一步提升公众的主人翁意识，促进社会和谐发展。
　　第五，严格环境准入制度，大力优化产业结构。
　　提高环境准入门槛，严格贯彻执行环境影响评价与“三同时”制度。从严审批产生有毒有害污染物的新建和扩建项目。积极推动产业结构优化升级，逐步淘汰高耗能、高污染、低效能的企业，严格进行关停并转。鼓励企业进行技术创新，加大对企业在产业结构优化升级过程中的财政支持力度，并提供相应的优惠政策。推行清洁生产与循环经济，推行工业用水逐步循环利用，建立节水型工业。鼓励各地区制定更加严格的污染物排放标准，加快资源再生利用产业化，推进生产、流通、消费各环节的循环经济发展，构建覆盖全社会的资源循环利用体系。